Идеята за издирване и съхраняване на старини, на паметници на културата от миналото в Пещера датира от далечната 1958 г., когато е създадена историко – етнографска комисия със задачата да събира исторически материали и да подпомага археологическите разкопки на Старата крепост, намираща се на хълма „Св. Петка” . Събраните вещи са складирани в метоха на църквата „Св. Петка”. Комисията проявява заинтересованост, инициативност и упоритост в събирането на материалите и създава условия за откриване на музейна сбирка в Пещера.
През 1964 година започва рeставрацията на сградата на Метоха , в която да се нанесе експозицията на музея. Ремонтът е извършен по план, изработен от арх. Димитър Христосков, а експозиционния план е дело на Стефан Попчев и Йордан Ангелчов, художественото оформление е на художниците Стоян Раканов и Атанас Мулетаров.
Експозицията е разположена в 5 зали с 27 витрини и 40 табла, обособени в разделите: Археология, Етнография, Възраждане, Участие на Пещера в национално – освободителните борби и Следосвобожденския период.
Експонатите, разкриващи богатото историческо минало на Пещера и района са обработени, подредени и на 22 юни 1969 г. историческата сбирка отваря врати.
Постепенно музеят се утвърждава като институцията в града, която се грижи за събиране, проучване, опазване и популяризиране на движимите и недвижимите паметници на културата, на културно историческото наследство. Основната дейност на музея се насочва по следните направления : Събирателска дейност, Научна обработка на материалите, Научно – изследователска работа, Културна и обществена дейност, Опазване паметниците на културата. Създава се фондохранилище, оформено от Основен, Обменен и Научно – спомагателен фонд.
През изтеклите десетилетия фондовете и архивите на музея бяха обогатени както с много експонати – предмети, снимки и документи, разказващи за материалния и духовния живот на хората от града и района, така и с редица краеведски трудове, търсени и ползвани от ученици, студенти, преподаватели, граждани. Всички тези исторически изследвания ставаха достояние на пещерската общественост чрез многобройните публикации в местния и националния печат, издаване на монографии, очерци, сборници и енциклопедии. Тук трябва да споменем имената на една значителна група ентусиасти – професионални историци, работещи в музея, и на любители – краеведи, сътрудници на музея, автори на огромна историческа литература, влезла в почти всеки пещерски дом. Това са : Петър Велков, Иван Карнабатлов, Димитър Калинов, Анастас Пунев, Стефан Попчев, Здравка Попова, Димитър Павлов и др.
Доказателство за това, че нашия музей е уважавана институция в национален мащаб е факта , че Пещера бе домакин на два национални исторически форума – Националната археологическа конференция през 2001 г. и на Националната конференция по Праистория през 2006 г.
Историческият музей стана инициатор и предприе археологически разкопки на най – големия недвижим паметник на културата от времето на каменната епоха в района – селищната могила при с. Капитан Димитриево, проучвания финансирани от община Пещера и Археологическия институт с музей при БАН и продължили от 1998 г. до 2004 г. Експонати от селищната могила участваха в редица авторитетни изложби в Европа – през 2002 г. в Брюксел, в Бон през 2004 г. и в Базел през 2007 г. ,представяйки Древните цивилизации на България.
Активното участие на Музея в дейностите по осъществяването на проекта за консервация, реставрация и експониране на античната и средновековна крепост „Перистера“, допринесе за превръщането на обекта в атрактивна и привлекателна дестинация за български и чуждестранни туристи. Крепостта е културно – исторически паметник с национално значение, експонирана през 2014 г. в резултат на археологическите разкопки на хълма “Св. Петка”, започнали през 2007 г., като съвместна експедиция на нашия музей и на Националния исторически музей.
През годините музеите, възприемани традиционно като места за историческа памет, придобиха и значителна образователна функция. Така и нашия музей се превърна в място , в което учениците от училищата в града ни провеждат уроци по история, чествания на различни исторически събития и личности, както от местната така и от националната ни история. Традиционно се работи с ученици , участващи в клубове по краезнание и кръжоци по история. Всичко това допринася за издигане патриотичното възпитание на младото поколение и преклонение и почит към делата на значимите фигури от местната история.
Музеят със своята експозиция и съхранявани предмети на наследството става важен и за туристическото развитие на град Пещера и района. Именно това е една от най-новите, модерни функции на музея – да бъде туристически център, да участва в културния туризъм, заедно с другите културно – исторически и природни забележителности в региона.
Всичко това ни дава основание за самочувствие и гордост, защото като културна институция Историческия музей е основен фактор за изучаването, експонирането и популяризирането на богатото културно – историческото наследство на нашия град вече повече от пет десетилетия.